Il n’existe pas de label officiel et unique du commerce équitable, puisque tous les référentiels sont privés et qu’en l’absence de norme publique, ils se font actuellement concurrence.
En France, seule la Direction Générale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des Fraudes (DGCCRF) peut agréer un label. Deux types de produits co-existent pourtant dans le commerce équitable : les produits certifiés (essentiellement alimentaires et coton) et les produits non-labellisés vendus majoritairement en magasin spécialisé et dont le caractère équitable est garanti par un contrôle direct de la filière, du producteur au distributeur. Dans cette filière spécialisée, les acteurs estiment souvent que la distribution du produit doit elle aussi se conformer à des critères d’équité, auxquels les grandes surfaces ne répondent pas.
La multiplication des messages et des labels (logo Max Havelaar ou mention du type "produit issu du commerce équitable") jette le doute sur la traçabilité des produits. Cette absence de norme peut contribuer à la confusion des consommateurs. Les acteurs du commerce équitable souhaitent pourtant clarifier la filière et garantir leur éthique à travers un texte de référence sur le commerce équitable.
En 1997, les trois organisations proposant des labels de commerce équitable au niveau international (Max Havelaar, Transfair et Fairtrade) se réunissent au sein d'une structure unique : FLO International (Fair Trade Labelling Organisation), afin d’harmoniser les critères par produits. Elle définit des standards génériques et des standards spécifiques à chaque produit qui nécessitent en moyenne deux années de recherche et de développement. Le comité de certification de FLO est composé de toutes les parties concernées (organisme délivrant le sceau de confiance, entreprises et producteurs). Il examine les différents aspects du projet : problématique du développement, droits des travailleurs, petites organisations de producteurs, contrôle du développement économique et social… Tous les partenaires commerciaux contribuent au financement des contrôles réalisés par FLO. Les organisations de producteurs paient 0,45% du montant de leurs ventes. Une contribution est également payée par les intermédiaires à hauteur de 0,25% du prix de la marchandise. Le travail de FLO est également rémunéré par un droit de licence (2% de leurs ventes) que les détenteurs de marque, les concessionnaires, paient à l’initiative nationale (Max Havelaar en France) pour pouvoir utiliser le logo sur leurs produits.
En 2001, Yves NICOLIN, député-maire de Roanne dépose une proposition de loi visant à "promouvoir un commerce international équitable entre le Nord et le Sud ". Elle a pour objectif "d’instituer une certification une certification pour tout produit répondant à un référentiel de bonnes pratiques sociales". Il s’agit de modifier le Code de la consommation pour créer une certification CE pour tous les produits répondant à un référentiel. Les contrôles seraient effectués par des organismes certificateurs agréés par les ministères de l’économie, du commerce, du travail et de l’environnement. Cette loi aurait permis de définir une norme générale du commerce équitable. Mais aucun consensus n’a été trouvé. Les types de produits semblent trop divers, de même que la nature des acteurs du commerce équitable, pour qu’une définition globale aie pu être trouvée.
En 2002, l’AFNOR met en place un groupe de travail chargé de réaliser un document national, collectif et consensuel, définissant le cadre général du commerce équitable. Les organisations de commerce équitable (OCE), entreprises, associations de solidarité internationale et de défense des consommateurs, entités publiques et entreprises privées vont travailler pendant trois ans sur la rédaction d'une norme. Pris entre partisans de la certification par produit, qui permettrait aux distributeurs d’éviter toute obligation à leur niveau, et défenseurs d’une certification par filière plus contraignante mais plus sûre, le débat s’éternise. Finalement, personne n’aura le dernier mot, l’AFNOR réduit ses ambitions en publiant le 10 janvier 2006 un fascicule de référence, l’Accord AFNOR AC X50-340, qui n’aura qu’un caractère informatif. Ce document spécifie "les principes et critères de nature économique, commerciale, sociale et environnementale qui s'appliquent à la démarche du commerce équitable". Mais ceux-ci ne "visent pas à définir les caractéristiques ou spécifications des produits et services issus du commerce équitable". L'accord n'a pas de valeur normative, mais il constitue désormais un texte de référence qui pourrait servir de base pour des initiatives d'autre nature (décret de loi relatif à la loi mentionnant le commerce équitable), dans d'autres pays ou aux niveaux européen et international.
C’est dans ce contexte qu’une loi a été votée le 2 août 2005, dont les décrets d’application, décisifs, devraient être publiés très prochainement. Officiellement, l’objectif est d’y voir plus clair parmi un nombre incalculable d’acteurs aux pratiques très différentes et se réclamant de valeurs parfois fort divergentes. Elle donne une définition du commerce équitable et prévoit la création d’une commission nationale chargée de contrôler les pratiques de tous les acteurs voulant recevoir une accréditation de l’État. En soi, la démarche est bienvenue, mais le gouvernement a imposé sa conception de ce que devrait être le champ du commerce équitable, porté depuis trente ans par la société civile, sans attendre la fin des travaux de la commission AFNOR. La définition et les modalités de contrôle qu’il propose sont très controversées, car le contrôle ne concernera pas l’ensemble de la filière, du producteur au consommateur, et que la loi exclut équitable les échanges Nord-Nord. En cantonnant le commerce équitable aux échanges Nord-Sud, elle élude la question des conditions de vie et de travail des producteurs français. En le réduisant à une démarche de soutien aux petits producteurs défavorisés, elle sort de son champ d’application les pratiques commerciales des industriels de la transformation et de la distribution.
Certaines organisations de commerce équitable ont mis en place leur propre cahier des charges. Voici une brève présentation des regroupements les plus connus :
 La Plate-Forme du Commerce Equitable : Créée en 1997, la PFCE rassemble les acteurs historiques du commerce équitable qu’ils soient distributeurs (Artisans du Monde), labellisateurs (Max Havelaar), importateurs ou structures de solidarité (Handicap International). Collectif national d’échanges et de promotion du commerce équitable doté d’une trentaine d'organisations, la PFCE n’appose aucun logo, ne labellise pas les produits, mais les membres actifs doivent signer une charte exigeante.
 Minga (association pour le développement d’un commerce équitable): Minga est une association créée en 1999 qui a pour objet la promotion du commerce équitable comme démarche de citoyenneté économique. Composée d’une centaine de membres particuliers et organisations, Minga a élaboré une des chartes les plus exigeantes favorisant l’équité dans tous les échanges économiques (et pas seulement entre le Nord et le Sud) et tout au long de la filière (du producteur au client).
 Bio Equitable : Créée en 2002, l’association Bio Equitable regroupe de petites et moyennes entreprises soucieuses de produire selon les critères du développement durable. Promotrices du bio dans les pays du Sud depuis une quinzaine d’années, ces entreprises revendiquent des rapports commerciaux fondés sur l’équité. Bio Equitable attribue une garantie du même nom à divers produits (chocolat, fruits et légumes, huile de sésame, épices…). Ce logo commercial est reconnu par la DGCCRF puisqu’il est attribué à partir d’expertises réalisées par un organisme indépendant et accrédité par l’Etat, ECOCERT. Les coûts liés à la vérification Bio Equitable sont pris en charge par les entreprises qui apposent le logo sur leurs produits.
 La démarche YAMANA STEP propose une conception différente du commerce équitable en raisonnant par filière. L’association propose une méthodologie composée du concept monitoring - vérification - développement (MVD), fondée sur la complémentarité entre commerçants responsables et autres acteurs du développement, et du Comité de veille et de Validation (CVV). Partant du commerce de détail classique, Yamana remonte jusqu’à la production, convertissant progressivement la filière au CE. L’engagement des acteurs économiques est signalé par un logo.
 AZIMUTS et Transparent Trade : Pour Azimuts, qui fait produire des vêtements équitables par des artisans népalais, la question de la transparence a été prise au pied de la lettre. Un commissaire aux comptes a en effet été mandaté pour contrôler la composition du prix de vente, les marges pratiquées, les comptes  d’exploitation et le bilan. Ce regard extérieur concerne à la fois la structure française et les fournisseurs au Népal. Il débouche sur une attestation qui certifie que l’entreprise respecte la charte du commerce équitable de la PFCE. Et pour ne vraiment rien cacher, Azimuts publie toutes ces données sur son site internet.
 La méthodologie d’Alter Eco (FTA 200) est appliquée par cette société lorsque le label Max Havelaar n’existe pas sur un produit qu’Alter Eco souhaite commercialiser. Mise en place avec le cabinet d’audit PricewaterhouseCoopers (qui expertise notamment les productions selon la norme SA 8000), cette méthodologie d’audits évalue les risques économiques, sociaux et
environnementaux des projets des producteurs, les coopératives, et les exportateurs sur 200 points.
 Breizh Ha Reizh : La Fédération réunit une trentaine d’acteurs du commerce équitable en Bretagne (boutiques, importateurs, transformateurs…). A travers leur charte, les membres se réfèrent aux critères définis par FINE au niveau international, qu'ils étendent au commerce local en y intégrant les producteurs locaux. Par ailleurs, la Fédération se positionne pour le développement du commerce équitable hors du réseau de grande et moyenne distribution et privilégie d'autres réseaux alternatifs qui permettent une consommation plus responsable et un respect des producteurs.
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